ЛАБОРАТОРИЯ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ НАДЗОРА ЗА ИНФЕКЦИОННЫМИ ЗАБОЛЕВАНИЯМИ

Заведующий лабораторией д.б.н. Мазепа Владимир Николаевич


Изучение нуклеиновых кислот микроорганизмов в Нижегородском НИИ эпидемиологии и микробиологии началось с 1959 г. по инициативе директора института академика АМН СССР Блохиной И.Н. и при поддержке академика АН СССР А.Н. Белозерского. В 1973 г. была образована лаборатория геносистематики бактерий (одна из первых в СССР), которую возглавила доктор биологических наук Леванова Г.Ф. С 1989 года лабораторией руководит д.б.н. Мазепа Владимир Николаевич. На базе лаборатории с 1996 г. функционирует Волго-Вятский центр индикации и идентификации микроорганизмов, который располагает мобильной ПЦР-лабораторией и способен проводить диагностические исследования в условиях чрезвычайных ситуаций. В 2001 г. лаборатория геносистематики была переименована в лабораторию молекулярно-генетических методов надзора за инфекционными заболеваниями. В настоящее время в лаборатории работают 12 человек из них 2 доктора наук, 4 кандидата наук

Основные научные направления лаборатории:

- Разработка, совершенствование молекулярно-биологических методов индикации, идентификации, систематики патогенных и условно-патогенных микроорганизмов.

- Создание и апробация ПЦР-тест-систем, разработка оптимальных алгоритмов их применения в диагностике инфекционных заболеваний.

- Изучение циркуляции труднокультивируемых и некультивируемых форм микроорганизмов бактерий родов Хламидия, Микоплазма, пилорического хеликобактера, вирусов группы герпеса, вирусов гепатитов С, В, G, D, TTV.

- Геносистематика и молекулярно-эпидемиологическая характеристика атипичных форм микроорганизмов.

- Совершенствование геносистематики микроорганизмов за счет методов анализа продуктов амплификации с универсального праймера, изучения подвижности гетеродуплексов продуктов ПЦР, анализа подвижности одноцепочечных продуктов ПЦР, определения нуклеотидных последовательностей участков генома различной вариабельности.

- Освоение и внедрение новых методов детекции и идентификации микроорганизмов - метода биочипов, «ПЦР в реальном времени», лигазной цепной реакции, транскрипционной амплификации.

Основные научные достижения лаборатории:

В лаборатории разработан комплекс безизотопных методов геносистематики бактерий. Создана панель ДНК-зондов для выявления генов вирулентности энтеробактерий (термолабильного, термостабильного, шигаподобного энтеротоксинов, фактора инвазивности, фактора адгезии). На зонды для выявления гена термолабильного токсина и оперона фактора адгезии CFAI имеются патенты Российской федерации. Совместно с лабораторией молекулярных методов диагностики Центрального НИИ эпидемиологии создана ПЦР тест система для детекции бактерий рода Шигелла и энтероинвазивных эшерихий. Разработан мобильный вариант ПЦР-лаборатории для проведения диагностики в условиях чрезвычайных ситуации.

В лаборатории методом ПЦР выявляются актуальные инфекционные агенты: возбудители урогенитальных инфекций (хламидии, микоплазмы, уреаплазмы, нейсерии, цитомегаловирус, герпесвирусы разных типов, папилломавирусы человека высокого канцерогенного риска и др.); возбудители парентеральных вирусных гепатитов В, С, D, G, TTV (с оценкой вирусной нагрузки и генотипированием вируса гепатита С); возбудители острых кишечных инфекций (сальмонеллы, шигеллы, энтеровирусы, вирус гепатита А и др.); токсигенные штаммы коринебактерии дифтерии; хеликобактер пилорический.

Разработан комплексный метод диагностики хеликобактерной инфекции, позволяющей определять количество возбудителя, контролировать эффективность проведенной терапии, выявлять гены патогенности и устойчивости к антибиотикам хеликобактера.

Предложен оптимальный алгоритм выявления негонококковых урогенитальных инфекций и возбудителей воспалительных заболеваний органов дыхания. В лаборатории осуществляются микробиологические исследования различных видов клинического материала с целью определения этиологически значимого количества и антибиотикорезистентности бактерий родов Микоплазма и Уреаплазма.

Лаборатория проводит определение таксономической принадлежности атипичных штаммов бактерий (на основании результатов определения процента ГЦ оснований бактериальной ДНК и ДНК-ДНК гибридизации с тестерными штаммами). Изучаются плазмидные профили штаммов с целью их эпидмаркирования.

В настоящее время лаборатория оказывает помощь практическому здравоохранению в диагностике более 30 нозологических форм инфекций и расшифровке вспышечной заболеваемости.

Сотрудниками лаборатории защищены: 2 докторские, 7 кандидатских диссертаций, получено 8 патентов на изобретения, опубликовано 4 монографии более 250 печатных работ, осуществлено руководство над 17 дипломными работами

Список наиболее значимых публикаций за последние 5 лет:

1. Мазепа, В.Н. Изучение особенностей циркуляции возбудителей НУГИ среди детей различных возрастов / В.Н. Мазепа, Н.Ф. Бруснигина, О.М. Черневская [и др.] // Новые технологии в профилактике, диагностике, эпиднадзоре и лечении инфекционных заболеваний" Материалы научной конференции, посвященной 85-летию со дня рождения академика РАМН И.Н. Блохиной. Н.Новгород. 2006. с.129-132.

2. Ефимов Е.И.,Мазепа В.Н., Бруснигина Н.Ф., Черневская О.М., Орлова К.А., Сперанская Е.В., Махова М.А., Жоголев С.П., Огарков П.И., Яцышина С.Б.. ПЦР в диагностике внебольничной пневмонии у военнослужащих //В кн.: «Здоровье нации – основа процветания России» часть2- М., -2006. -c.126-127.

3. Мазепа, В.Н. Выявление атипичных возбудителей заболеваний органов дыхания у детей / В.Н.Мазепа, Н.Ф. Бруснигина, К.А. Орлова [и др.] //Молекулярная диагностика - 2007 г: СБ. трудов IV Всеросс. научн.-практ. конф., М.-2007.-Т.II.-С.363-364.

4. Мазепа, В.Н. ПЦР в комплексной диагностике парентеральных вирусных гепатитов / В.Н.Мазепа, Н.Ф. Бруснигина, К.А. Орлова [и др.] // Молекулярная диагностика - 2007.- Сб. трудов IV Всеросс. наун.-практ. конф.-М.-2007.- Т.1.- С.255-257.

5. Мазепа, В.Н. Выявление ВПЧ высокого канцерогенного риска у женщин репродуктивного возраста / В.Н. Мазепа, Н.Ф. Бруснигина, К.А. Орлова [и др.] // Молекулярная диагностика-2007: Сб. трудов IV Всеросс. науч.-практ. конф. М.-Т.3.-Москва.-2007.-С.133-134.

6. Ефимов, Е.И. Опыт использования ПЦР при этиологической диагностике внебольничных пневмоний у военнослужащих/ Е.И. Ефимов, В.Н. Мазепа, Н.Ф.Бруснигина [и др.] // Вестник Росс. Военно-медицинской академии. Приложение.-СПб.-2008 № 2(22).-часть I.-С.185-186.

7. Ефимов, Е.И. Применение ПЦР для диагностики гнойных менингитов/ Е.И. Ефимов, В.Н. Мазепа, Н.Ф. Бруснигина [и др.] // Актуальные проблемы менингококковой инфекции и гнойных бактериальных менингитов: Матер. 2-й Российской научно-практической конф., 20-21 октября 2008.-Москва.-С.57-58.

8. Леванова, Г.Ф. Фенотаксономия и геносистематика лактобацилл / Г.Ф. Леванова, Е.И. Ефимов // Монография. - Нижний Новгород: Изд. Ю.А. Николаев, 2009. - 248 с

9. Бруснигина, Н.Ф. Этиологическая структура внебольничной пневмонии/Н.Ф. Бруснигина, В.Н. Мазепа, Л.П.Самохина [и др.] // Медицинский альманах.-2009.-№2(7).- С.118-120.

10. Мазепа, В.Н. Оптимизация метода ПЦР для наиболее информативного и экономичного выявления возбудителей негонококковых инфекций (НУГИ) / В.Н.Мазепа, Н.Ф. Бруснигина, О.М. Черневская [и др.] // Научное обеспечение противоэпидемической защиты населения. Материалы юбилейной Всероссийской научно-практической конференции, посвященной 90-летию Нижегородского НИИ эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной Роспотребнадзора и 20-летию Приволжского окружного центра попрофилактике и борьбе со СПИД. Нижний Новгород.-2009.- С. 149-151.

11. Бруснигина Н.Ф. Изучение распространения атипичных труднокультивируемых возбудителей воспалительных бронхолегочных заболеваний / Н.Ф.Бруснигина, В.Н. Мазепа, О.М. Черневская, К.А. Орлова, Е.В. Сперанская, Л.Е. Скобло, М.А. Махова, Н.Н. Кленина, Н.Н. Барышева//Сб.трудов VII Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика - 2010». – 2010.-Т.4.-С.155-157.

12. Махова М.А. Результаты многолетних исследований распространенности вирусов группы герпеса среди детского населения Нижнего Новгорода/ М.А.Махова, В.Н.Мазепа, Н.Ф.Бруснигина и др.// Медицинский альманах.-2011.-№4 (17).-С.48-49

13. Сперанская Е.В. Роль бактерий рода Mycoplasma в развитии воспалительных заболеваний органов дыхания у детей / Е.В.Сперанская, В.Н.Мазепа, Н.Ф.Бруснигина и др. // Медицинский альманах.-2011.-№4 (17).-С.49-50.

Перечень видов научно-исследовательской деятельности, предлагаемой на договорной основе научным и практическим учреждениям здравоохранения, санэпиднадзора, заинтересованным организациям:

- Создание и апробация ДНК-РНК-диагностикумов, базирующихся на технологиях направленной амплификации нуклеиновых кислот и биочипов.

- Разработка оптимальных алгоритмов детекции и идентификации микроорганизмов, в том числе трудно культивируемых и геномодифицированных.

- Обучение специалистов лабораторных служб современным методам ДНК-РНК диагностики (ПЦР, биологические чипы)

- Апробация новых ПЦР-тест-систем, разработанных научными учреждениями РФ.

- Определение генов факторов патогенности (токсигенность, инвазивность и др) в штаммах энтеробактерий ( шигелл, сальмонелл, эшерихий и др.).

- Геносистематическая характеристика штаммов бактерий различных родов и видов с целью внутривидовой дифференциации.

- Анализ плазмидных профилей штаммов различных бактерий.

- Оказание всесторонней помощи медицинским учреждениям различного профиля в области диагностики инфекционных заболеваний.

- Оказание помощи центрам Госсанэпиднадзора при расследовании вспышечной заболеваемости острыми кишечными инфекциями.

- Оценка эффективности фаговых препаратов в отношении штаммов бактерий, циркулирующих в Нижегородской области.

- Разработка алгоритмов действий при чрезвычайных ситуациях

Перечень лабораторно-диагностических услуг, предлагаемых заинтересованным организациям и физическим лицам на договорной основе:

I. Выявление методом ПЦР (традиционная ПЦР, ПЦР «end point», «Real time» ПЦР) в различных биологических субстратах (кровь, моча, слюна, слезное отделяемое, соскобы слизистых уретры, цервикального канала и т.д.), в продуктах питания и объектах внешней среды широкого спектра инфекционных агентов:

-возбудителей урогенитальных инфекций Chlamydia trachomatis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Neisseria gonorrhoeae, Gardnerella vaginalis, Trichomonas vaginalis, Candida albicans и др.
-папилломавирусов человека высокого и низкого канцерогенного риска (14 генотипов) с определением клинически значимого титра;
- вирусов группы герпеса: цитомегаловируса, вируса Эпштейн-Барр, вирусов герпеса 1, 2 ,6 типов
-возбудителей воспалительных заболеваний респираторного тракта: - аденовирусов, Mycoplasma pneumoniae, Chlamidophila pneumoniae, Chlamydia psittaci, Legionella pneumophila;
-возбудителей серозных и гнойных менингитов: энтеровирусов, Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae;
-возбудителей острых кишечных инфекций - бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter, Yersinia;
-возбудителя хеликобактериоза, ассоциированного с язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки, Helicobacter pylori и определение его вирулентности и антибиотикорезистентности;
-возбудителей туберкулеза Mycobacterium tuberculosis/bovis;
- возбудителя коклюша Bordetella pertussis;
-возбудителя листериоза Listeria monocytogenes;
-возбудителя токсоплазмоза - Toxoplasma gondii;
-вирусов гепатитов А, В, С, D, G, TTV с определением концентрации вирусов и генотипа вируса гепатита С.

II. Микробиологическое исследование мочи, соскобов слизистых различных отделов урогенитального тракта с целью определения клинически значимых концентраций и чувствительности к антибиотикам Ureaplasma urealyticum и Mycoplasma hominis.

Контактный телефон (831) 432-87-91, Мазепа Владимир Николаевич.